Sejak dibukanya Program Pascasarjana di IAIN Syarif Hidayatullah Jakarta pada 1982 dan IAIN Sunan Kalijaga Yogyakarta pada 1983, IAIN Raden Fatah mulai mengirimkan dosen-dosennya untuk mengikuti program S2 dan S3 di dua lembaga tersebut, dengan tujuan meningkatkan kualitas sumber daya manusia (SDM) dan daya saing lulusan. Pada 1996, gagasan untuk membuka program Pascasarjana S2 di IAIN Raden Fatah disetujui dalam sidang Senat dan didorong oleh Prof. Dr. Harun Nasution yang menyatakan bahwa IAIN Raden Fatah sudah memenuhi syarat untuk menyelenggarakan program S2. Proposal pembukaan program S2 mulai disusun dan melalui berbagai revisi dan konsultasi dengan Departemen Agama, proposal tersebut akhirnya disetujui dan program Pascasarjana S2 Magister Agama IAIN Raden Fatah dibuka pada tahun 2000. Program ini terus berkembang, dengan penambahan program studi baru seperti Hukum Islam dan Sejarah Peradaban Islam pada 2004, serta perubahan struktur program studi pada 2013 untuk lebih mencakup berbagai bidang kajian keislaman guna merespons kebutuhan masyarakat.