Berdasarkan Pedoman Akademik Pascasarjana tahun 2017, para dosen didorong untuk melakukan kegiatan penelitian baik melalui anggaran DIPA UIN Raden Fatah yang dikoordinasikan oleh LP2M, juga penelitian mandiri sesuai dengan bidang keilmuan masing-masing. Penelitian yang dilakukan harus menggunakan pendekatan dan pemikiran baru. Hasil penelitian dosen harus dipublikasikan dalam jurnal nasional atau internasional.
Pengelola pascasarjana mengupayakan agar kualitas penelitian dosen di setiap Prodi doktor memenuhi standar mutu dari sisi substansi dan teknis penulisan. Kebijakan yang dilakukan untuk memastikan kualitas penelitian ini di antaranya dengan menerapkan kebijakan anggaran yang lebih untuk aspek penelitian dosen. Dalam konteks ini, berbagai kegiatan yang berorientasi pada penguatan pemahaman mengenai metodologi penelitian dan academic writting di kalangan dosen ditingkatkan intensitasnya.
Dalam Renstra pascasarjana beberapa agenda yang terkait dengan upaya penguatan kualitas penelitian para dosen pascasarjana antara lain:
- Setiap tahun pascasarjana menugaskan para dosen untuk melakukan penelitian kompetitif yang dikoordinasikan oleh Lembaga Penelitian dan Pengabdian kepada Masyarakat (LP2M);
- Mengutus para dosen Prodi untuk mengikuti pelatihan metodologi penelitian. Di antara kegiatan ini yang telah dilakukan seperti Pelatihan Penerapan Aplikasi Google Schoolar dan Sinta; Pelatihan Metodologi Berbasis Kompetitif; Pelatihan Penguatan Metodologi Penelitian PAR; dan Pelatihan Penerapan Aplikasi Mandeley dan Zotero dalam Penelitian dan
- Pascasarjana setiap tahun menyelenggarakan pelatihan khusus bagi para dosen untuk penguatan pemahaman penelitian dengan menggunakan teknis dan sistem analisis terbaru